IKKα-קינאז שהוא ב-non canonical מזרחן ועושה cleavage לתת היחידה הגדולה ל T55-REDB ו P52
ואז עכשו תת יחידה קטנה
יכולה לכנס לגרעין.
ה- canonical :אם יש סיגנאל יש זרחון של IKP שמסמן אותו לדיגרדציה ואז הם יכולים לכנס לגרעין ולעשות transcription activation.
NFkB צריך את הרצף GGG.
p50\p52 קושרים דנ"א ולא
עושים transcription activation.
שני הפרומוטורים השונים שהם target ל- NFkB: IP 10+ MCP1 מגיבים באופן שונה ל NFkB.
T300-הוא co activator ל- NFkB.
|
IP 10 |
MCP1 |
|
dependent p50\p52 |
Independent p50\p52
|
|
I 1 dependent
p50\p52 |
|
|
TNF dependent
p50\p52 |
|
|
Increase IRF3 no
dependent p50\p52 |
|
|
IRF3 needs for LPS * |
|
|
BCL3 is essential |
|
·
LPS* משפעל IRF3 ,ואז יש פוספורולציה.
IRF3 יכול לשמש כ- co activator כאשר עושים over
expression .
ב-M1+M2 לא צריך את ה- BCL3.
LPS לא צריך p50.
ה-LPS+TNF הם שני inducers .
LPS-יש אקטיבציה של IRF3 שעובר פוספורלציה ונכנס לגרעין והוא משתתף עם – NFkBבאקטיבציה של גן.
כאשר עשו over
expression של IRF3 ה- TNF הפך לבלתי תלוי ב-P50.
אין binding site ל- IRF3.
ה- transcription
factor מגוייס ל binding site כ-co
activator על ידי T.F אחרים.
ב-kno p50 אין אקטיבציה = IRF3 כ- co
activatorל-IP-10 והוא חיוני ל LPS.
BCL3 יכול לשמש כ-co activator ב-TNF והוא חיוני ב- . IP 10
I1+I2 : צריך את BCL3.
M1+m2:לא צריך BCL3.
כאשר יש LPS לא ידוע איזה co activator צריך כי עדיין לא אופיינו במערכת של m1+m2.
אם הפרומוטור לא צריך P50 אז יש לו P65.
P65 מגייס את IRF3.
הטרודימר מגייס BCL3 ב-TNF
stimulation.
P50-T.F ללא A.D.
P65- T.F עם A.D.
Enhancer: 50-100 בסיסים
שקשורים על ידי T.A ,וכאשר הוא פעיל אז יש
שעתוק .
מאפייני Enhancer:
1.מפעיל פאומוטורים אחירים.
2.המיקום שלו לא חשוב.
3.אוריינטציה לא חשובה(כאשר הופכים אותו).
4.נמצאים יותר באנטרון.
באדם ה-
Enhancerיכול להיות רחוק כ- 100000 בסיסים מהפרומוטור.
יש 2 מודלים : 1.הקשירה כקופלקס –יש הפעלה.
2.לא צריך את הכל שיקשרו כל הפקטורים.
הכיפוף של הדנ"א =בכדי להביא את
הפקטורים אחד ליד השני .
אם יש הבדל של 10 נוקלאוטיד =הפקטורים יהיה
להם פניה לאותו צד .
T.F קושרים enhancer +GFP =עשו ספריה .
לא צריך binding site
אופטמלי ל-enhancer כי אנחנו צריכים לשלוט.
מרחק של T.F אחד מהשני מאוד חשוב ל-enhancer.
ה-enhancer : 2-T.F יגייסו co activator .
AP1 קשירתו גורמת לגיוס co activator +הזזה של נוקלאוזום =יש קשירת פקטורים
אחרים.
כאשר יש את ה-loop אז ה-loop מביא את הפרומוטור ליד ה-enhancer.
יכול להיות כמה enhancer
שקושרים T.F שיגרום לביטוי הגן .
איך מגלים enhancer בגנום:
1.) cross linkerחלבון-דנ"א\חלבון-חלבון)
; לחתוך באנזימי רסטריקציה , מהילה לנפח גדול ,לשים
ליגאז, לתכנן primer ולבדוק אם מקבלים תוצר ב-PCR.(אפשר לשים נוגדן).
2.DHS ( DNase
Hyper sensetive ) –האזור של ה- enhancerרגיש לדנאז ואז עושים ריצוף.
3.STARR seq- לחתוך גנום,linker with DNA,PCR,קלונינג לחתיכות . ואם יש
enhancer אז יש שעתוק לחתיכה עצמה ואז לוקחים RNA המיוצר ועושים לו ריצוף.
|
promotor |
enhancer |
|
H3K4M3 |
H3K4M1 |
|
Repress) H3K27M3) |
(repress)
H3K27M3 |
|
Active) H3K27Ac) |
Active) H3K27Ac) |
יש זיכרון ל- enhancer.
